TAHUN 2009
Tanda Penghargaan Peringkat I kategori Perpustakaan Terbaik di Lingkungan DEPKES.
TAHUN 2012
Certificate of Registration ISO 9001 : 2002 Library Service.
TAHUN 2016
Piagam Penghargaan Juara III, Pemilihan Perpustakaan Terbaik di Lingkungan Kemenkes Tahun 2016.
TAHUN 2017
Penghargaan Kepada Pemenang Lomba dalam Rangka Hari Kesehatan Nasional Tahun 2017 Kepada Sapto Harmoko Poltekkes Kemenkes Yogyakarta sebagai Juara III, Perlombaan Pustakawan Berprestasi .
TAHUN 2018
Sertifikat Keanggotaan dalam jejaring Indonesia OneSearch Perpustakaan Nasional RI.
Juara Harapan III Pemilihan Perpustakaan Berinovasi Terbaik di Lingkungan Kemenkes Tahun 2018.
TAHUN 2022
Piagam Penghargaan Pegawai Administrasi Terbaik 1 kepada Sudaryati Setyorini dalam rangka Peringatan Dies Natalis Politeknik Kesehatan Kementerian Kesehatan Yogyakarta XXI Tahun 2022.
Penghargaan kepada Perpustakaan Poltekkes Kemenkes Yogyakarta sebagai salah satu tempat magang di Poltekkes Kemenkes Yogyakarta oleh Universitas Alma Ata Yogyakarta
Sertifikat Akreditasi Perpustakaan Perguruan Tinggi 2022 – 2026
Piagam Penghargaan Peringkat I Perpustakaan Terbaik di Lingkungan Kementerian Kesehatan Tahun 2022 (8 November 2022).
Piagam Penghargaan Peringkat I Pustakawan Berprestasi di Lingkungan Kementerian Kesehatan Tahun 2022 (8 November 2022).
Perpustakaan Polkesyo Menjadi Rujukan Nasional sesuai dengan Surat Sekretaris Jendral Kemenkes RI Nomor : KM.06.02/V/10254/2022, Tanggal 30 Desember 2022.
Penghargaan Hero of The Month, Kategori Pegawai dengan Inovasi Terbaik di Lingkungan Kementerian Kesehatan Tahun 2023
Penghargaan Juara I, Academic Library Innovation Award (ALIA), Forum Perpustakaan Perguruan Tinggi (FPPTI) Daerah Istimewa Yogyakarta Tahun 2023.
Penghargaan Juara Harapan II, Academic Library Innovation Award (ALIA), Forum Perpustakaan Perguruan Tinggi (FPPTI) Nasional Tahun 2023.
Terbaik Kedua Pustakawan Berinovasi di Lingkungan Kementerian Kesehatan Tahun 2023
